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Más tarde, el gobernador Gabriel de Avilés, realizó la repartición de los solares entre los vecinos y dispuso el trazado de la villa, obra para la cual contrató al arquitecto Joaquín Toesca, el mismo que realizó el proyecto del Palacio de la Moneda y la Catedral Metropolitana de Santiago. El primer alcalde fue don José Miguel de Villarroel y el primer párroco fue el Presbítero Bernardo Barahona.
La villa adquirió notoriedad en la época de la Independencia de Chile, pues después del Desastre de Rancagua pasaron por ella las tropas patriotas en dirección a Mendoza. Previamente, la villa había colaborado con hombres para formar parte, como soldados, del ejército patriota para enfrentar a los realistas.
En 1817, una sección del Ejército Libertador de los Andes que cruzó por el paso de Uspallata al mando del coronel Juan Gregorio de Las Heras, tomó posesión de la villa de Los Andes, liberándola de la autoridad realista (18 de enero de 1817), siguiendo horas más tarde camino hacia Curimón, donde se juntarían con la sección principal de las tropas, comandada por Bernardo O’Higgins y José de San Martín para seguir rumbo a Chacabuco donde el 12 de febrero de 1817 vencieron sobre los realistas y pudieron más tarde recuperar Santiago.
Los Andes en la colonia, aunque inició dependiendo de San Felipe, se independizó como Partido en 1804. Con la organización de la República, fue capital de Departamento al interior de la Provincia de Aconcagua, cuya capital era San Felipe. En el Departamento de Los Andes, junto a la actividad de tráfico comercial y minería, el entorno rural poseía una potente producción agrícola la que va tomando especial relevancia, sobre todo después de 1850, cuando desde mercados tan alejados como California, Australia e Inglaterra demandan grandes cantidades de trigo y harina que el Valle producía desde el siglo XVIII.
Hacia 1798, el nuevo alcalde don José Ignacio Díaz Meneses elaboró el primer plano de la villa, formado por 64 manzanas.
El 31 de julio de 1791 el Gobernador del Reino de Chile, don Ambrosio O’Higgins firma en Santiago el decreto de fundación de la Villa Santa Rosa de Los Andes en el lugar conocido como «Las Piedras Paradas», pues era una zona fértil que cumplía con las condiciones para establecer un poblado que diera reabastecimiento y hospedaje a los viajeros que cruzaban la cordillera de Los Andes. Le dio el nombre de Santa Rosa en honor a Santa Rosa de Lima, primera santa americana, y de Santa Rosa de Viterbo, patrona del convento franciscano de Curimón.
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